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Products 高通量测序
产品名称: miRNA测序
型号:
时间: 2017 - 03 - 29
一、服务介绍microRNA(miRNA)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA,是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成,不同于siRNA(双链)但是和siRNA密切相关。microRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或抑制mRNA的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达(最新发现miRNA也能在转录水平调控基因表达)。miRNA在物种进化中相当保守,在动物、植物和真菌等中发现的miRNA表达均有严格的组织特异性和时序性。miRNA在细胞生长和发育过程中起多种作用,包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。目前研究miRNA的方法主要是realtime-PCR、生物芯片技术以及第二代测序技术。基于第二代测序技术的miRNA测序,可以一次获得数百万条miRNA序列,能够快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的miRNA及其表达差异,为研究miRNA对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力工具。二、分析项目标准分析项目1) 原始数据质控(去接头污染,去低质量reads),数据产出统计;2) 与参...
产品名称: lncRNA测序
型号:
时间: 2017 - 03 - 29
一、服务介绍长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指长度大于200 nt的RNA,位于细胞核内或胞浆中,不参与蛋白质编码功能,以RNA形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。长链非编码RNA测序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一种使用特定方法降低样本中rRNA 的丰度,对富集到的 RNA进行文库构建,再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs信息,对lncRNAs的类别、功能进行全方位的深入分析,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)相关 lncRNA信息。 二、数据分析内容标准分析项目1) 去除接头序列、低质量序列,得到高质量数据;2) 与核糖体数据库比对,去除核糖体RNA(rRNA)数据3) 转录本组装;4) 鉴定已知转录本(包括已知lncRNA)和新转录本;5) 预测新的lncRNA;6) lncRNA定量及差异分析(...
产品名称: 转录组测序
型号:
时间: 2017 - 03 - 29
一、服务介绍转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。转录组测序(RNA-Seq)是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统芯片而言,RNA-Seq无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测,能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。 二、操作流程1. 全转录组总RNA提取;2. mRNA分离和文库构建;3. 高通量测序;4. 数据处理与生物信息学分析;5. 测序报告生成 三、生物信息分析(一)无参考基因组序列的转录组1. 标准信息分析1) 对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理;2) 数据产出统计及测序数据的成分和质量评估;3) 进行基因表达定量分析4) 组装结果分析;5) Unigene功能注释及COG分析;GO...
产品名称: 外显子测序
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时间: 2017 - 03 - 29
一、服务介绍外显子组测序(exome-seq)是对定向富集的基因组DNA进行高通量测序,它能够以相对低的费用对人类外显子组进行拷问。2009年,外显子组捕获工具的出现,让外显子组测序这种技术迅速红起来。到目前为止,已有超过1万个外显子组被测序。如今有多家公司推出了外显子组捕获试剂,包括罗氏NimbleGen、安捷伦、Illumina,还有最近的华大基因。这些方法究竟孰优孰劣,斯坦福大学医学院遗传学系的研究人员对市场上三个主流的外显子组测序平台进行了比较。该研究结果发表在《Nature Biotechnology》上。研究人员利用安捷伦、Illumina和NimbleGen的外显子组测序平台对同一个人类血液样品进行分析。他们的结 果表明,NimbleGen平台作为唯一一个使用高密度重叠探针的平台,尽管覆盖了较少的基因组区域,但在灵敏检测小的变异时所需的测序量也最少。在同样获得80M测序数据的情况下,NimbleGen有97%的目标序列达到10x以上的测序深度,而其他产品只有90%。而安捷伦和Illumina的探针能够在低密度下捕获更多数量的变异。此外,Illumina还捕获了未翻译的区域...
产品名称: 甲基化测序
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时间: 2017 - 03 - 29
一、服务介绍DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据,对于表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。我们以新一代高通量测序平台为基础,结合全基因组Bisulfite处理和生物信息数据分析技术,进行低成本、高效率、高准确度的全基因组DNA甲基化水平图谱绘制。特定物种的高精确度甲基化修饰模式的分析,必将在表观基因组学研究中具有里程碑式的意义,并为细胞分化、组织发育等基础机制研究,以及动植物育种、人类健康与疾病研究奠定基础。二、分析项目 标准分析项目1) 数据过滤(去除adaptor,低质量的reads等)2) 序列比对、覆盖度统计、测序深度统计3) SNP/InDel/CNV/SV变异信息检测4) SNP/InDel/CNV/SV多种数据库注释高级分析项目1)肿瘤:体细胞突变位点筛选;基于质谱的 case/control 样品成对初步鉴定成对样品的Somatic SNV/InDel/CNV检测、注释及统计成对样品SNV/InDel的COSMIC 数据库注释分析成对样品SNV的保守型预测成对样品SV检测分析(CREST)及注释影响氨基酸改变...
产品名称: 宏基因测序
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时间: 2017 - 03 - 29
一、服务介绍宏基因组学研究不要求对每个微生物进行分离纯化培养,而是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。通过宏基因组测序,能够解释微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性及环境之间的相互协作关系,极大地扩展了微生物学研究范围。环境微生物多样性检测是指通过对环境中微生物16S rDNA高变区/ITS 的PCR扩增产物进行高通量测序,分析该环境下微生物群落的多样性和分布规律。 二、分析项目标准分析项目1. 去除宿主污染,产出数据及质控统计2. 组装前,通过K-mer分析评估样品的测序深度3. 序列组装4. 基因组结构注释(串联重复序列注释、短回文重复序列注释、可变遗传因子注释、基因编码区域预测、NCBI NR库比对、致病岛预测、前噬菌体预测、毒力因子预测,可选)5.基因功能注释(GO功能注释,KEGG通路注释,Swissprot数据库注释、COG功能分类)6.比较基因组分析(基因家族分析,系统进化树构建,物种分期时间预测)7. 生物种类和丰度估计8. 样本间群落结构比较(多样本);9. 微生物生物分布与环境关联分析(多样本); 高级分析项目重要结论的获得;聚...
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