通过转基因技术获得的导入外源基因的胚胎通过输卵管移植或子宫移植的方法植入假孕体内，经过胚胎的发育和生长，将出生的动物称为潜在转基因动物。而这些潜在转基因动物经过基因检测后，才能确定是否为转基因动物。我们常规运用的检测方法是，PCR、Southern blot、Western blot等方法。
![动物实验]( "动物实验")
而在进行检测前，对潜在转基因动物进行编号。利用打耳标、剪脚趾、涂染涂抹、夹耳夹等方法可以有效地对动物实施编号，这样可以避免基因检测结果的混乱，检测结果的有效性。可以通过剪取动物耳朵、尾巴、脚趾的方法来获得基因检测所需要的基因组DNA。
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PCR法作为检测阳性转基因动物的基本方法，一般都是作为初筛法来使用。即通过对外源基因特异性的序列设计引物，利用基因扩增技术获取阳性条带。如果通过PCR检测，检测到了阳性条带，那么说明该潜在转基因动物可能为转基因动物，还要经过Southern blot的检测才能终确定。运用特异性的探针标记，利用地高辛或者P32来检测是否有探针信号，终确定潜在转基因动物基因组中是否有外源基因的存在。通过Southern blot确定的阳性动物，我们才终确认为转基因动物，并称之为“首建动物”，后利用这些动物来繁育出整个转基因动物品系。需要注意的是，一般获得的“首建动物”都为杂合子，即两条等位基因上只有一条包含有外源基因，因此需要利用孟德尔遗传规律筛选出纯合的转基因动物。
有时候虽然我们经过Southern blot 确定了“首建动物”，但是由于基因表达强弱不同，蛋白翻译情况有差异或者基因插入附体的某些构象干扰了基因表达，终导致转入基因在蛋白水平并没有变化。所以在转基因动物无明显表型的情况下，可以通过Western blot来检测外源基因相关蛋白的表达情况，以确定转基因在蛋白水平来说是否成功。如果蛋白表达水平和转基因构建目标一致，那么说明该转基因在多个水平都是成功的；如果蛋白表达无差异，而Southern blot又能检测得到，说明外源基因的蛋白表达由于某些干扰出现了缺失。