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捕获测序

日期: 2017-06-20
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捕获测序一种是随着高通量测序技术的应用而产生的序列捕获技术。研究者将捕获的目标序列分为外显子组测序和靶向捕获测序。
外显子组捕获测序:通过外显子组测序来定位与蛋白质功能变异相关的基因变异。与全基因组测序相比,外显子组测序更加的经济和高效。
靶向捕获测序:靶向捕获测序又称为目标区域测序,是对研究者感兴趣的蛋白编码区域DNA或某段特定序列进行捕获,富集后进行高通量测序。通过目标区域测序,可以定位与特定性状相关的候选基因。


靶向捕获测序根据所使用的捕获技术的不同,又可以分成两大类:
扩增子测序:使用PCR的手段对目标片段进行扩增,然后对扩增产物再进行深度测序。扩增测序的捕获产品有QiagenIllumina TruSeq Amplicon panel
基于芯片杂交的捕获测序:通过定制针对目标基因组区域的探针,与基因组DNA进行杂交,将获得的目标区域DNA富集后再进行高通量测序。捕获平台包括:Agilent SureSelect平台、Roche NimbleGen平台。

 

根据每个客户的研究目标和内容灵活定制研究方案
1.探针设计完全自由,物种和区域大小没有绝对限制,只需提供目标区域相关信息和参考基2.因组信息
3.探针长度超过100 bp,对于片段缺失的容错率可达25 bp,有效捕获目标片段
4.提供多种预设探针方案,如全外显子、UTR等
5.提供标准和高级生物信息分析,可根据客户需求提供个性化数据分析
6.特殊样本操作经验丰富:FFPE、血液、显微切割样本

 

标准数据分析

1.数据质控 捕获质量、覆盖度和均一性分析

2.数据比对  变异分布统计

3.编码区和非编码区snp/InDel检测、统计、注释

4.变异类型和发生区域统计 密码子和氨基酸变化统计

5.碱基替代类型和比例统计 各基因变异分布统计

 

高级数据分析

1.群体进化研究 群体遗传多样性指数计算 主成分分析(PCA) 个体聚类分析、群体聚类分析

 2.遗传图谱构建  群体遗传结构分析

 3.QTL定位  关联分析

 

捕获测序样品要求

 DNA总量≥3 μg (qubit),<200 ng 可微量建库

 样品体积大于10 μl  OD260/280为1.8-2.0

 

虽然测序成本在不断降低,但目前大规模进行基因组测序仍需要较高的费用,特别是基因组较大的物种。全外显子测序能够将测序目标限定在基因组的编码部分,在动植物中有非常广泛的应用,对突变群体中突变位点的发现也有很高的应用价值。

 

 

 

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